Los Órganos Internos de Control son Unidades Administrativas a cargo de promover, evaluar y fortalecer, el funcionamiento del control interno de las Dependencias y Entidades Paraestatales que, conforme a las leyes y reglamentos, sean competentes para aplicar las normas en materia de control interno, auditoría, fiscalización y responsabilidades de las personas servidoras públicas; su labor además es la de evaluar, detectar, controlar y sancionar prácticas ilegales de los servidores públicos, dirigiendo su actuación de carácter preventivo.
Los Órganos Internos de Control de las Dependencias y Entidades de Gobierno del Estado en el ámbito de su respectiva competencia, reciben además quejas y denuncias ciudadanas que se presenten contra las personas servidoras públicas relativas al incumplimiento de las funciones o violaciones de la Ley de Responsabilidades Administrativas del Estado de Baja California, así como las inconformidades generadas en el servicio público.

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